WCS jest aplikacją informatyczną porównywalną z rachunkiem przepływu materiałów. System ten kontroluje również połączenia źródło-cel, łącząc najczęściej jeszcze dodatkowe funkcje, które wychodzą poza obszar rachunku przepływu materiałów. WCS znajdują zastosowanie zwłaszcza tam, gdzie istotne funkcje WMS pokryte zostają przez WWS lub systemy ERP i w związku z tym nie jest wymagany osobny system WMS.